对于超净台的选购，首先要确认适用于垂直流的超净台还是水平流的超净台，然后再确定超净台的使用人数及使用面数，究竟是单人单面还是单人双面，抑或双人单面还是双人双面。确定了以上两点后，超净台的选型就基本结束了。
    也许还有很多用户会疑问，为何超净台的构造都是一个外壳加风机和两层过滤器，但是价格上差异那么大。那就让我们来分析一下超净台的用料，首先一些超净台的外观制作较为精致新颖，材料使用的不锈钢材质较好，所以在外壳上就会有较高的成本；其次，超净台的风机也是区分价格的一个部件，好的超净台通常使用进口风机，此类风机噪音小，振动低，使操作人员在一个安静的环境下进行实验，而一些国产的风机在使用了一段时间以后就会发现噪音很大，超净台的振动也会影响到实验的正常进行；最后也是最重要的就是高效滤膜（HEPA膜）了，由于高效滤膜直接影响超净台的洁净度及使用寿命，所以质量好的HEPA膜在成本上会较低档次的膜高很多。当然，HEPA膜的使用寿命的长短与空气的洁净程度有关。在温带地区超净台可在一般实验室使用，然而在热带或亚热带地区，由于大气中含有高量的花粉，或多粉尘的地区，超净台则宜放在较好的有双道门的室内使用。任何情况下不应将超净台的进风罩对着开敞的门或窗，以免影响滤清器的使用寿命。